تم وضع خطط دقيقة ودراسات جمة لتنفيذ تأسيس جامعة الإمام الحسين عليه السلام في كربلاء المقدسة وبعد الإيعاز بالمباشرة بترجمة الخطة التي وضعها العلامة الخطيب ( الشيخ عبد الحميد المهاجر) مؤسس مؤسسة الإمام الحسين عليه السلام للتربية والتعليم العالي، وتطبيقها على ارض الواقع، وبعون من الله تعالى وببركة أهل البيت تم وضع برنامج متكامل لكليات الجامعة كل على انفراد ووضع النظام الداخلي للجامعة ومن ثم الأنظمة الداخلية لكل كلية على انفراد، حيث تتكون جامعة الإمام الحسين عليه السلام من الكليات التالية وأقسامها:

1- كلية الطب

2- كلية طب الأسنان

3- كلية الصيدلة

4- كلية الهندسة وفيها الأقسام التالية :
ا – قسم الهندسة المعمارية .
ب – قسم الهندسة المدنية
ج – قسم الهندسة الكيمياوية
د – الهندسة الكهربائية
هـ – الهندسة الميكانيكية
و – هندسة الحاسبات والنظم المعلوماتية

5- كلية الإدارة والاقتصاد وفيها الأقسام التالية :
ا – قسم المحاسبة
ب – قسم الإدارة
ج – قسم الاقتصاد
هـ – قسم إدارة الأعمال

6- كليه العلوم وفيها الأقسام التالية :
ا – قسم الكيمياء
ب – قسم الفيزياء
ج – قسم علوم الحياة

7- كليه الإمام الحسين عليه السلام الجامعة وفيها الأقسام التالية
ا – قسم الخطابة
ب – قسم الإعلام
ج – قسم المسرح الحسيني

8- كلية الآداب وفيها الأقسام التالية:
ا – قسم اللغات ( اللغة العربية , اللغة الإنكليزية , اللغة الفارسية , اللغة الفرنسية )
ب – قسم التاريخ
ج – قسم الجغرافية
د – قسم علم الاجتماع
هـ – قسم الفلسفة

9- كلية التربية وفيها الأقسام التالية :
ا – قسم اللغة العربية
ب – قسم الرياضيات

10- كلية الحاسبات

11- كلية العلوم الإسلامية وفيها الأقسام التالية :
ا – قسم الشريعة الإسلامية
ب – قسم الفقه وأصوله
ج – قسم علوم الحديث والقران
د – قسم العلوم العرفانية

12- كلية العلوم السياسية

13- كلية القانون

14- كلية الإعلام وفيها الأقسام التالية :
ا – قسم الصحافة
ب – قسم الإذاعة والتلفزيون
ج – قسم الإعلانات

15- كلية الفنون وفيها الأقسام التالية :
ا- قسم التصوير السينمائي
ب – قسم الفنون التشكيلية والرسم
ج - التصميم والطباعة
د – قسم الإخراج السينمائي
هـ – قسم التمثيل